彩虹历2010年，异族入侵，魔物横行，彩虹岛世界陷入危难之中！
承载着人类希望的勇者美少女“艾丽娅斯”与她的伙伴，为了使彩虹岛世界恢复和平，她们踏上了征途，前往遥远的亚特蓝蒂斯遗迹，击败正要破解封印而出的魔王。
与魔王大战之下，艾丽娅斯虽然在最终一刻爆发出了前所未有的巨大能量击败了魔王，但也受到了难以痊愈的重大伤害，同时她也察觉到了世界危难的源头并非魔王，而是异族的阴谋，但此时的艾丽娅斯已经没有力量去阻止，她用自己最后的力量将意志附着于陨石中，散落于世界各地。
这一夜，无数彩虹岛中的人们梦到了艾丽娅斯的警示，同时彩虹岛的各处也出现了无数的神秘石塔。彩虹岛中的青少年全部出动，通过石塔中提供的线索，寻找艾丽娅斯，拯救彩虹世界。他们动身的第一站，就是艾丽娅斯出生的地方——贝罗斯城！
